Научно-фондовый отдел
Весь музейный фонд подлежит строгому государственному учету, который обеспечивает их юридическую охрану и создает условия для изучения и рационального использования.
Отдел фондов является одним из основных подразделений общей музейной структуры, работает на основе инструкции по учету и хранению музейных ценностей. Организация государственного учета и обеспечение сохранности музейных ценностей - главная задача отдела. Основными юридическими документами государственного учета музейных фондов являются акты приема и выдачи, книги поступлении, все эти документы ведутся отделом фондов. Отдел фондов ведет регистрацию поступивших в музей предметов, имеющую целью их документальную охрану, контролирует сохранность и правильное ведение учетной документации, находящейся у смотрителей и реставраторов, своевременный возврат временно выданных и временно принятых музеем экспонатов.
Отдел фондов занимается научной регистрацией музейных предметов являясь при этом и хранителем научных данных, собранных в процессе изучения предмета. Отдел фондов является непосредственным хранителем музейных ценностей и несет материальную ответственность за их сохранность от повреждений и хищений.
Отдел экспозиции и организации выставок
Сотрудники отдела занимаются разработкой концепций и методической программы организации экспозиции и выставок, в течении года выполняют работу по периодическому дополнению и обновлению экспозиции. Разработка научных концепций выставок согласно годовому плану музея и организация передвижных и постоянных выставок к знаменательным датам и выдающимся личностям, внесшим весомый вклад в дело развития Приуралья.
Вносят предложения по реэкспозиционным мероприятиям, определяет основные направления экспозиционной деятельности. Отдел занимается сбором, исследованием, научным оформлением экспонатов в фонды музея. На основе материалов из фондов музея разрабатывают материалы для статей в периодической печати.
Отдел экскурсионно-массовой работы.
Основная функция отдела - подготовка методических рекомендаций и текстов по темам музейных экспозий и выставок, реализация экскурсионных программ, организация экскурсий, лекций, выставок и мероприятий в музее.
Сотрудники отдела заключают договоры о сотрудничестве с учебными заведениями всех ступеней, туристическими и другими организациями, занимаются организацией лекций и экскурсий по музейным экспозициям, выставкам, привлечением посетителей на на культурно-просветительские и культурно-массовые мероприятия музея.
Осуществление пропаганды истории Казахстана и Приуралья через средства массовой информации, посредством выступлений с докладами на конференциях, семинарах, ученых советах и т.п.
Научно-методический отдел.
Научно-методический отдел тесно взаимосвязен с отделами и филиалами музея. Отдел ответственен за своевременный сбор, сдачу и анализ отчетов о проделанной работе (за месяц, квартал, полугодие и за год) Западно-Казахстанского историко-краеведческого музея.
При отделе действует кружок «Жас музейші» (юный музеевед). Цель кружка: организация разных историко-познавательных мероприятии, круглых столов, дебатов, знакомство с историей нашего края, культурными наследиями.
Одно из направлении работы отдела ответственность за печатную продукцию (буклеты, книги, журналы, методические пособия) музея. Данный отдел работает с общественными музеями города (при организациях и школах), проводит совместные мероприятии, семинары, музейные часы, оказывает методическую помощь в оформлении экспонатов. Сотрудники отдела являются кураторами районных филиалов.